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La sezione in oggetto si articola in tre sottosezioni che comprendono rispettivamente documentazione dal 1807 al 1859, dal 1860 al 1897, dal 1898 al 1927.
La scelta di collocare la documentazione secondo questa scansione è stata indotta senz'altro dallo stato di disordine in cui l'archivio è stato rinvenuto prima del riordino si è preferito fare riferimento, nel disordine totale, alle classiche cesure storiche, anche se queste non erano praticamente definite; altra documentazione storica, dal 1948 al 1965, forma invece un corpo unitario con l'attuale archivio di deposito (la documentazione è stata schedata con la medesima scala analitica).
L'ordine originario della documentazione (soprattutto quella ottocentesca della sezione Lombardo Veneta) è stato definitivamente compromesso da un precedente tentativo di ordinamento effettuato senza basi archivistiche. In particolare la documentazione di questa sezione, prima dell'esecuzione dell'ordinamento era priva di ogni confezione; ogni documento è stato estratto dal fascicolo od involto in cui probabilmente era collocato, per essere disposto in ordine cronologico assoluto: questo si è potuto arguire dalla documentazione rinvenuta in alcuni faldoni. Risulta invece dal verbale di consegna al comune da parte del comune di Ponte S. Pietro, nel 1950, (unità 1951-2) che la sezione d'archivio del comune di Brembate di Sopra era naturalmente disposta in unità di condizionamento. Per ciò che concerne la sezione storica sono stati quindi individuati i momenti di avvicendamento dei diversi regimi storici, amministrativi e archivistici e sono state ricostruiti titoli criteri differenti in relazione allo stato di disordine della documentazione. I titoli di riferimento utilizzati per la strutturare ciò che è rimasto dell'archivio per la parte ottocentesca sono stati dedotti e ricostruiti dall'esame delle note poste a tergo dei documenti.