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La sezione delle collezioni è stata definita nell'ambito dell'intervento come livello a cui riferire tutte le raccolte di documentazione che si sono stratificate nel corso degli anni nel deposito archivistico del Museo. La "tradizione" degli "Autografi", è se così si può dire frutto di un orientamento museale tipico nel trattamento dei documenti e per i precedenti Conservatori rappresentava il cuore dell'archivio (si vedano a tal proposito gli studi e le trascrizioni di Alberto Agazzi su Studi Garibaldini). Accanto a questa collezione se ne sono formate altre quattro. La raccolta degli attestati militari che è stata formata spesso estraendo questo tipo di documento da diversi fondi esistenti nel complesso archivistico prima descritto. La raccolta dei Manifesti e volantini, chiamata prima dell'intervento in modo più enfatico Proclami è stata oggetto di un intervento di riconversione del formato informatico e di allineamento dei dati rilevati (dati già schedati con un formato database). Le miscellanee sono invece collezioni in cui si sono stratificati documenti donati all'istituto in epoche differenti. I documenti al loro interno sono stati nuovamente suddivisi secondo la cesure cronologica riportata nel titolo comprendendo idealmente nel Risorgimento anche il periodo della prima guerra mondiale, considerata quarta guerra d'indipendenza quando il primo Museo del Risorgimento venne istituito.
Le collezioni sono le seguenti:
1.6.1 Autografi
1.6.2 Attestati militari
1.6.3 Manifesti e volantini
1.6.4 Miscellanea del Risorgimento
1.6.5 Miscellanea post Risorgimento